8장: Mixed Precision 학습

(English Version)

DGL은 mixed precision 학습을 위해서 PyTorch’s automatic mixed precision package 와 호환된다. 따라서, 학습 시간 및 GPU 메모리 사용량을 절약할 수 있다. 이 기능을 활성화하기 위해서는, PyTorch 1.6+, python 3.7+을 설치하고, float16 데이터 타입 지원을 위해서 DGL을 소스 파일을 사용해서 빌드해야 한다. (이 기능은 아직 베타 단계이고, pre-built pip wheel 형태로 제공하지 않는다.)

설치

우선 DGL 소스 코드를 GitHub에서 다운로드하고, USE_FP16=ON 플래그를 사용해서 shared library를 빌드한다.

git clone --recurse-submodules https://github.com/dmlc/dgl.git
cd dgl
mkdir build
cd build
cmake -DUSE_CUDA=ON -DUSE_FP16=ON ..
make -j

다음으로 Python 바인딩을 설치한다.

cd ../python
python setup.py install

Half precision을 사용한 메시지 전달

fp16을 지원하는 DGL은 UDF(User Defined Function)이나 빌트인 함수(예, dgl.function.sum, dgl.function.copy_u)를 사용해서 float16 피쳐에 대한 메시지 전달을 허용한다.

다음 예제는 DGL 메시지 전달 API를 half-precision 피쳐들에 사용하는 방법을 보여준다.

>>> import torch
>>> import dgl
>>> import dgl.function as fn
>>> g = dgl.rand_graph(30, 100).to(0)  # Create a graph on GPU w/ 30 nodes and 100 edges.
>>> g.ndata['h'] = torch.rand(30, 16).to(0).half()  # Create fp16 node features.
>>> g.edata['w'] = torch.rand(100, 1).to(0).half()  # Create fp16 edge features.
>>> # Use DGL's built-in functions for message passing on fp16 features.
>>> g.update_all(fn.u_mul_e('h', 'w', 'm'), fn.sum('m', 'x'))
>>> g.ndata['x'][0]
tensor([0.3391, 0.2208, 0.7163, 0.6655, 0.7031, 0.5854, 0.9404, 0.7720, 0.6562,
        0.4028, 0.6943, 0.5908, 0.9307, 0.5962, 0.7827, 0.5034],
       device='cuda:0', dtype=torch.float16)
>>> g.apply_edges(fn.u_dot_v('h', 'x', 'hx'))
>>> g.edata['hx'][0]
tensor([5.4570], device='cuda:0', dtype=torch.float16)
>>> # Use UDF(User Defined Functions) for message passing on fp16 features.
>>> def message(edges):
...     return {'m': edges.src['h'] * edges.data['w']}
...
>>> def reduce(nodes):
...     return {'y': torch.sum(nodes.mailbox['m'], 1)}
...
>>> def dot(edges):
...     return {'hy': (edges.src['h'] * edges.dst['y']).sum(-1, keepdims=True)}
...
>>> g.update_all(message, reduce)
>>> g.ndata['y'][0]
tensor([0.3394, 0.2209, 0.7168, 0.6655, 0.7026, 0.5854, 0.9404, 0.7720, 0.6562,
        0.4028, 0.6943, 0.5908, 0.9307, 0.5967, 0.7827, 0.5039],
       device='cuda:0', dtype=torch.float16)
>>> g.apply_edges(dot)
>>> g.edata['hy'][0]
tensor([5.4609], device='cuda:0', dtype=torch.float16)

End-to-End Mixed Precision 학습

DGL은 PyTorch의 AMP package를 사용해서 mixed precision 학습을 구현하고 있어서, 사용 방법은 PyTorch의 것 과 동일하다.

GNN 모델의 forward 패스(loss 계산 포함)를 torch.cuda.amp.autocast() 로 래핑하면 PyTorch는 각 op 및 텐서에 대해서 적절한 데이터 타입을 자동으로 선택한다. Half precision 텐서는 메모리 효율적이고, half precision 텐서에 대한 대부분 연산들은 GPU tensorcore들을 활용하기 때문에 더 빠르다.

float16 포멧의 작은 graident들은 언더플로우(underflow) 문제를 갖는데 (0이 되버림), PyTorch는 이를 해결하기 위해서 GradScaler 모듈을 제공한다. GradScaler 는 loss 값에 factor를 곱하고, 이 scaled loss에 backward pass를 수행한다. 그리고 파라메터들을 업데이트하는 optimizer를 수행하기 전에 unscale 한다.

다음은 3-레이어 GAT를 Reddit 데이터셋(1140억개의 에지를 갖는)에 학습을 하는 스크립트이다. use_fp16 가 활성화/비활성화되었을 때의 코드 차이를 살펴보자.

import torch
import torch.nn as nn
import torch.nn.functional as F
from torch.cuda.amp import autocast, GradScaler
import dgl
from dgl.data import RedditDataset
from dgl.nn import GATConv

use_fp16 = True


class GAT(nn.Module):
    def __init__(self,
                 in_feats,
                 n_hidden,
                 n_classes,
                 heads):
        super().__init__()
        self.layers = nn.ModuleList()
        self.layers.append(GATConv(in_feats, n_hidden, heads[0], activation=F.elu))
        self.layers.append(GATConv(n_hidden * heads[0], n_hidden, heads[1], activation=F.elu))
        self.layers.append(GATConv(n_hidden * heads[1], n_classes, heads[2], activation=F.elu))

    def forward(self, g, h):
        for l, layer in enumerate(self.layers):
            h = layer(g, h)
            if l != len(self.layers) - 1:
                h = h.flatten(1)
            else:
                h = h.mean(1)
        return h

# Data loading
data = RedditDataset()
device = torch.device(0)
g = data[0]
g = dgl.add_self_loop(g)
g = g.int().to(device)
train_mask = g.ndata['train_mask']
features = g.ndata['feat']
labels = g.ndata['label']
in_feats = features.shape[1]
n_hidden = 256
n_classes = data.num_classes
n_edges = g.number_of_edges()
heads = [1, 1, 1]
model = GAT(in_feats, n_hidden, n_classes, heads)
model = model.to(device)

# Create optimizer
optimizer = torch.optim.Adam(model.parameters(), lr=1e-3, weight_decay=5e-4)
# Create gradient scaler
scaler = GradScaler()

for epoch in range(100):
    model.train()
    optimizer.zero_grad()

    # Wrap forward pass with autocast
    with autocast(enabled=use_fp16):
        logits = model(g, features)
        loss = F.cross_entropy(logits[train_mask], labels[train_mask])

    if use_fp16:
        # Backprop w/ gradient scaling
        scaler.scale(loss).backward()
        scaler.step(optimizer)
        scaler.update()
    else:
        loss.backward()
        optimizer.step()

    print('Epoch {} | Loss {}'.format(epoch, loss.item()))

NVIDIA V100 (16GB) 한개를 갖는 컴퓨터에서, 이 모델을 fp16을 사용하지 않고 학습할 때는 15.2GB GPU 메모리가 사용되는데, fp16을 활성화하면, 학습에 12.8G GPU 메모리가 사용된며, 두 경우 loss가 비슷한 값으로 수렴한다. 만약 head의 갯수를 [2, 2, 2] 로 바꾸면, fp16를 사용하지 않는 학습은 GPU OOM(out-of-memory) 이슈가 생길 것이지만, fp16를 사용한 학습은 15.7G GPU 메모리를 사용하면서 수행된다.

DGL은 half-precision 지원을 계속 향상하고 있고, 연산 커널의 성능은 아직 최적은 아니다. 앞으로의 업데이트를 계속 지켜보자.